In einer 96-Well-Platte wurden pro Well 100 µL LB Medium mit unterschiedlichen Antibiotika pipettiert. Dadurch hat man überprüft, ob die über Monate/Jahre gelagerten Stock-Lösungen noch das Wachstum von Mikroorganismen hemmen können oder ob sie schon ihre Wirkung verloren hatten.
Für das Experiment wurden die einzelnen Wells mit dem Bakterium E.coli K12, ein klassischer Laborstamm, beimpft und über Nacht bei 37°C inkubiert. Die Antibiotika, die ihre Wirkung verloren hatten (Trübung des Mediums aufgrund Bakterienwachstums), wurden entsprechend entsorgt.
Im Sommer wurde eine Gel-Elektrophorese (unten links) vor der Verschrottung gerettet. Wieder voll funktionstüchtig trennt man damit DNA Fragmente der Größe nach auf. Im rechten Bild sieht man die von unserem Biohacker Esef selbst gebaute DIY Gel-Elektrophorese, die am Sonntag ihren ersten Einsatz mit DNA Proben und Plasmiden hatte.
Die verwendeten DNA Proben wurden von Studierenden während den Uni Kursen hergestellt, welche im Anschluss üblicherweise entsorgt werden. Am Sonntag haben sie dann doch noch einen Nutzen gefunden.
Hier wird nicht gekocht, sondern das Agarose Gel in die Kammer gelegt, mit Puffer bedeckt und mit DNA Proben beladen
Ein kleines Agarosegel Stück wird mit einem 1kb Standard, einem bekannten Plasmid und mit einer unspezifischen DNA Probe beladen. Nach der Elektrophorese lassen sich DNA Fragmente noch nicht gleich erkennen. Um sie sichtbar zu machen färbt man die Proben mit einer fluoreszierenden Substanz (Roti®-Load DNAstain) ein und hält sie unter UV-Licht.
Im unteren Bild links ist ein 1kb Standard aufgetragen mit dem man die Größe der Plasmide, welche als dünne Banden im oberen Bereich des Bildes aufscheinen, abschätzen kann. Die dicken hellen Banden können RNA-Wolken, unspezifische, abverdaute oder abgebrochene DNA Stücke, in Form von sogenannten „Schlieren“ sein. Sehen zwar interessant aus, sind aber unbrauchbar.
1% Agarosegel auf UV-Licht
Im Vergleich zur Standard Gelelektrophorese bei der man UV-Licht nimmt, verwendet Esef blaues Licht. Um die fluoreszierenden DNA Banden im Gel zu erkennen, sieht man durch den orangen Filter, der sowohl Deckel, als auch als Außengehäuse der Apparatur ist.
Auswertung der „esefbox_v1“
Zum Schluss noch ein Bild das beweist, dass Geduld eine Tugend ist.
Anstatt nach Protokoll das Gel 16h lang mit geringer Konzentration einzufärben, probierten wir eine hoch-% Methylenblau-Lösung aus, welche das Gel viel zu intensiv färbte (zu sehen als schwarz blaues Rechteck links unten).
Experiment fehlgeschlagen, aber genau dafür ist das auch OLGA da. 😊
Was machen MikrobiologInnen, wenn sie gerade nicht im Uni Labor stehen?
Natürlich eigenständig Umweltproben sammeln und im OLGA kultivieren! Dabei finden sich immer wieder spannende Organismen wie z.B. diese Bakterien aus einer Bodenprobe. Nach mehrmaligem Ausstreichen wachsen einzelne Kolonien auf der Platte. Gut zu erkennen sind dabei die rötliche Färbung und die schleimig, glänzende Oberfläche.
Um solche Projekte überhaupt durchführen zu können müssen aber erst einmal die Arbeitsmaterialen vorbereitet werden. Damit die Bakterien nicht hungern wurde vergangenen Sonntag Agar mit verschiedenen Nährmedien vermischt und in Platten gegossen.
steriles Arbeiten mti dem Brenner
Auch Bakterien essen gerne Suppe – Rindssuppe als Vollmedium
Ihr sollt wachsen… aber du nicht! – MacConkey als Selektivmedium
Das Ergebnis kann sich auch farblich sehen lassen
Gut vorbereitet starten so nun wieder neue Projekte über die im Laufe der nächsten Wochen noch mehr berichtet wird.
Alles in allem also wieder ein entspannter Open Lab Day in gemütlicher Atmosphäre.
