DIY Gelelektrophorese am Open Lab Day, 08.04.2018

Im Sommer wurde eine Gel-Elektrophorese (unten links) vor der Verschrottung gerettet. Wieder voll funktionstüchtig trennt man damit DNA Fragmente der Größe nach auf.  Im rechten Bild sieht man die von unserem Biohacker Esef selbst gebaute DIY Gel-Elektrophorese, die am Sonntag ihren ersten Einsatz mit DNA Proben und Plasmiden hatte.

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Die verwendeten DNA Proben wurden von Studierenden während den Uni Kursen hergestellt, welche im Anschluss üblicherweise entsorgt werden. Am Sonntag haben sie dann doch noch einen Nutzen gefunden.

Hier wird nicht gekocht, sondern das Agarose Gel in die Kammer gelegt, mit Puffer bedeckt und mit DNA Proben beladen
Hier wird nicht gekocht, sondern das Agarose Gel in die Kammer gelegt, mit
Puffer bedeckt und mit DNA Proben beladen

Ein kleines Agarosegel Stück wird mit einem 1kb Standard, einem bekannten Plasmid und mit einer unspezifischen DNA Probe beladen. Nach der Elektrophorese lassen sich DNA Fragmente noch nicht gleich erkennen. Um sie sichtbar zu machen färbt man die Proben mit einer fluoreszierenden Substanz (Roti®-Load DNAstain) ein und hält sie unter UV-Licht.
Im unteren Bild links ist ein 1kb Standard aufgetragen mit dem man die Größe der Plasmide, welche als dünne Banden im oberen Bereich des Bildes aufscheinen, abschätzen kann. Die dicken hellen Banden können RNA-Wolken, unspezifische, abverdaute oder abgebrochene DNA Stücke, in Form von sogenannten „Schlieren“ sein. Sehen zwar interessant aus, sind aber unbrauchbar.

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1% Agarosegel auf UV-Licht
1% Agarosegel auf UV-Licht

Im Vergleich zur Standard Gelelektrophorese bei der man UV-Licht nimmt, verwendet Esef blaues Licht. Um die fluoreszierenden DNA Banden im Gel zu erkennen, sieht man durch den orangen Filter, der sowohl Deckel, als auch als Außengehäuse der Apparatur ist.

Auswertung der „esefbox_v1“
Auswertung der „esefbox_v1“

Zum Schluss noch ein Bild das beweist, dass Geduld eine Tugend ist.
Anstatt nach Protokoll das Gel 16h lang mit geringer Konzentration einzufärben, probierten wir eine hoch-% Methylenblau-Lösung aus, welche das Gel viel zu intensiv färbte (zu sehen als schwarz blaues Rechteck links unten).
Experiment fehlgeschlagen, aber genau dafür ist das auch OLGA da. 😊

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Open Lab Day vom 12.03.2018

 

Was machen MikrobiologInnen, wenn sie gerade nicht im Uni Labor stehen?

Natürlich eigenständig Umweltproben sammeln und im OLGA kultivieren! Dabei finden sich immer wieder spannende Organismen wie z.B. diese Bakterien aus einer Bodenprobe. Nach mehrmaligem Ausstreichen wachsen einzelne Kolonien auf der Platte. Gut zu erkennen sind dabei die rötliche Färbung und die schleimig, glänzende Oberfläche.

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Um solche Projekte überhaupt durchführen zu können müssen aber erst einmal die Arbeitsmaterialen vorbereitet werden. Damit die Bakterien nicht hungern wurde vergangenen Sonntag Agar mit verschiedenen Nährmedien vermischt und in Platten gegossen.

steriles Arbeiten mti dem Brenner
steriles Arbeiten mti dem Brenner

 

Auch Bakterien essen gerne Suppe – Rindssuppe als Vollmedium

Suppen Agar

 

Ihr sollt wachsen… aber du nicht! –  MacConkey als Selektivmedium

MacConkey Agar

 

Das Ergebnis kann sich auch farblich sehen lassen

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Agarplatten fertig gegossen

 

Gut vorbereitet starten so nun wieder neue Projekte über die im Laufe der nächsten Wochen noch mehr berichtet wird.

Alles in allem also wieder ein entspannter Open Lab Day in gemütlicher Atmosphäre.

Ein typischer Sonntag im r3

Teilweise ist es etwas schwer mitzubekommen was sich im realraum so tut,
denn es tut sich praktisch jeden Tag immer ein bisschen etwas. Je nachdem wer da ist,
wird an dem einen oder anderen Projekt gearbeitet.

Daher mag ich hier mal kurz auflisten was sich heute so an einem ganz normalen Sonntag getan hat,
das mich (mit)betroffen hat und daher ein kleiner aber feiner Ausschnitt davon ist, was heute passiert ist.

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LaserVentilationIndicator DeadPersonButton Labels r3 Logo LED Fluter Schleimpilz Bioreaktor
  • Bug in der Laserlüftungsindikatoranimation auf der LED Pipe gefixt.
  • Zwei Lasercuttereinschulungen gegeben
  • den Laser-Dead-Person Button der regelmäßig betätigt werden muss, besser und deutlicher beschriftet. Außerdem die Wiki Beschreibung für den Laser aktualisiert.
  • Ein LED Außen-Flutlicht montiert, das jetzt unser LOGO erhellt!
  • an einem Printer-Server-Beaglebone-Image für unseren Laserjet 8000 gearbeitet
  • OLGA Treffen mit Einführungstalk in DDD’s Schleimpilzprojekt.
  • Basteln einer Box für eine LED Wort Uhr
  • Basteln an Kisteneinsätzen für die Wurmfarm
  • Etwas aufgeräumt

Nebenbei wurde noch über Amateurfunk, Weltraumtechnologie, Kryptographie, Prüfungen und Molekularbiologie gesprochen, doch das hab ich nur mit einem 1/4 Ohr mitbekommen.

Nehmt micht aber nicht beim Wort, sondern schaut an einem beliebigen Abend einfach mal selbst bei der Tür herein! :-)